Penulis / NIM
ZAENUL WATHONI / 442418028
Program Studi
S1 - KIMIA
Pembimbing 1 / NIDN
Dr YUSZDA K SALIMI, S.Si, M.Si / 0023037106
Pembimbing 2 / NIDN
Dr. LA ODE AMAN, M.Si / 0021047704
Abstrak
SARS-CoV-2 merupakan virus yang menyebabkan pandemic Covid-19 dibanyak negara di dunia. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat antiviral SARS-CoV-2 oleh senyawa metabolit sekunder tumbuhan obat tradisioanl Gorontalo. Sebanyak 380 senyawa dari 22 tumbuhan obat tradisional diuji dengan menggunakan metode molecular docking dan molecular dynamic. Binding energy dan RMSD hasil validasi metode docking pada Mpro Wuhan dengan native ligan 0EN sebesar -7,20 dan 0,75 �... Pada validasi Mpro Omicron dengan native ligan 4WI menghasilkan binding affinity dan RMSD sebesar -6,12 dan 1,65 �... Metode molecular dynamic disimulasikan selama 50 ns dengan hasil �"G pada native ligan 0EN dan 4WI masing-masing -26,53 kkal/mol dan -47.16 kkal/mol. Hasil docking sebanyak 58 senyawa uji pada Mpro Wuhan memiliki binding energy antara -7,6 sampai -10,3 kkal/mol serta pada Mpro Omicron sebanyak 9 senyawa dengan binding energy -8,6 sampai -8,9 kkal/mol. Hasil �"G molecular dynamic senyawa uji terbaik physalin F pada Mpro Wuhan dan Physalin J pada Mpro Omicron sebesar -28,22 kkal/mol dan -26,62 kkal/mol. Dari segi kestabilan struktur dan residu aktif yang berperan dalam pengikatan, senyawa physalin F dan physalin J tidak menunjukkan hasil yang lebih baik dari zat aktif pada obat paxlovid.
Download berkas
